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genefirst ATOM-Seq技術概述

更新時間:2021-01-04      點擊次數:2700

 

genefirst一家專注于傳染病,癌癥診斷和個性化醫學的分子診斷公司。我們為研究人員,臨床醫生和制藥公司提供功能強大,易于使用且靈敏的分子診斷解決方案,以準確診斷和提供安全有效的藥物。

 

 

genefirst ATOM-Seq技術概述

 

XCeloSeq文庫制備產品采用了獲得的GeneFirst突破性技術ATOM-Seq®。這種方法使用一種簡單而優雅的化學方法來捕獲DNA,原始分子充當引物,其3'端通過聚合酶延伸。

使用ATOM-Seq方法,將分子標識符(UMI)和通用銜接子序列直接并入每個原始樣品分子的可用3'端。

 
 

樣品DNA或cDNA與銜接子模板寡核苷酸結合

DNA分子退火至ATO的3'末端。

ATO反應

?

動手時間:  5分鐘 


孵育時間:70分鐘

退火后,聚合酶以ATO序列為模板延伸原始分子。

使用其ATO模板,聚合酶將分子標識符(UMI)和通用引物位點整合到捕獲的分子中。

 
 
 
 

線性放大

?

動手時間:5分鐘

 
孵育時間:35分鐘

通用引物用于多輪線性擴增,從而改善了誤差校正。這也意味著即使線性產物在有義和反義鏈靶向富集之間進行劃分,所有原始副本都可以在下游反應中顯示

 
 
 
 
 
 
 

下游協議

方案時間包括所示的所有步驟,從初的ATO反應到終的珠子純化文庫。

 
 
 

靶向cfDNA

協議時間:

總計:5h 40m

動手:1h 20m

輸入金額:

推薦:5-50ng

小:1ng

靈敏度:

等位基因頻率: ≥0.1 %

 

靶向RNA

協議時間:

總計:7h 20m

動手:1h 55m

輸入金額:

推薦:5-200ng

小:1ng

既已知又

未知基因融合

檢測:

 

全基因組

協議時間:

總計:4h 45m

動手:2h

輸入金額:

推薦:5-50ng

小:1ng

 
 
ATOM-Seq的主要優勢

這種*的方法無需連接,并且通過僅需一個靶標特異性引物進行富集即可與傳統的基于PCR的方法區分開。這提供了許多優勢,使XCeloSeq特別適合于挑戰性臨床材料,例如液體活檢或FFPE保留的RNA中的無細胞DNA(cfDNA)。

綠色的勾表示技術可以實現的方面。
綠色條表示技術效率低下的方面。
紅叉表示該技術不能或不能做到的方面。

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